P37.21 Improvement of PCR-Based Detection of ALK Rearrangements
نویسندگان
چکیده
ALK fusions can be detected by FISH (florescence is situ hybridization), IHC (immunohistochemistry), RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) and NGS (next generation sequencing). All these methods have advantages drawbacks. We aimed to improve the performance of PCR testing, which cost-efficient requires minimal amount material. assessed various test designs evaluated spectrum gene in 2620 EGFR mutation-negative formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) lung adenocarcinoma samples. found that results could significantly improved using ALK-specific primers instead random hexamers for cDNA synthesis. In addition, we revealed decrease fragment size below 100 bp also helpful preventing failures test. Single-tube variant-specific 4 most common rearrangements (V.1, V.2, V.3 V.9) identified 150 (6.8%) tumors. These ALK-positive samples were further analyzed unbalanced 5’/3’-end expression, range variations 5’/3’ ratio was comparison 261 control fusion-negative cDNAs; obtained data allowed reliable calculation threshold this assay. Subsequently, remaining adenocarcinomas expression; additional 109 samples, had evidence activation thus required validation an independent method. Thirteen cases tested analysis at time abstract submission; five proven rearrangement, each containing distinct translocation variant (EML4ex6-ALKex19, EML4ex21-ALKex20, EML4ex13-ALKex3-ALKex20, GCC2ex13-ALKex20 SFTPBex2-ALKex18). This study provides a roadmap adjustment assays detection actionable fusions.
منابع مشابه
application of upfc based on svpwm for power quality improvement
در سالهای اخیر،اختلالات کیفیت توان مهمترین موضوع می باشد که محققان زیادی را برای پیدا کردن راه حلی برای حل آن علاقه مند ساخته است.امروزه کیفیت توان در سیستم قدرت برای مراکز صنعتی،تجاری وکاربردهای بیمارستانی مسئله مهمی می باشد.مشکل ولتاژمثل شرایط افت ولتاژواضافه جریان ناشی از اتصال کوتاه مدار یا وقوع خطا در سیستم بیشتر مورد توجه می باشد. برای مطالعه افت ولتاژ واضافه جریان،محققان زیادی کار کرده ...
15 صفحه اولDetection of ALK rearrangements in lung cancer patients using a homebrew PCR assay
Lung cancer patients with anaplastic lymphoma kinase (ALK) rearrangements are candidates for targeted therapeutics. However, patients must be tested with a companion diagnostic assay to realize their ALK rearrangement status. We analyzed the publicly available E-GEOD-31210 microarray dataset and identified a non-coding RNA, sweyjawbu, which is strongly associated with ALK rearrangements. We val...
متن کاملthe impact of pre-task planning on the improvement of iranian efl learners’ writing skill in task-based language teaching (tblt)
هدف اصلی تحقیق حاضر تبیین تاثیر برنامه ریزی پیش از انجام تکلیف بر بهبود مهارت نوشتاری زبان آموزان ایرانی در آموزش زبان تکلیف محور می باشد. به بیانی دیگر، این مطالعه رابطه بین برنامه ریزی پیش از انجام تکلیف و دو ویژگی زبانی در عملکرد نوشتاری یعنی پیچیدگی و دقت در مهارت نوشتاری را در سی یادگیرنده زبان در دو بخش عمده بررسی می کند. ابزارهای مورد استفاده برای جمع آوری داده ها در مطالعه حاضر شامل آزم...
15 صفحه اولthe effect of a selfregulatory approach on the improvement of efl learners listening comprehension
تاثیر آموزش مهارت خود محوری بر روی ارتقاء مهارت شنیداری زبان آموزان هدف این پژوهش بررسی عوامل موثر در ارتقا مهارت شنیداری زبان آموزان ایرانی بود. در مرحله اول این تحقیق پژوهشگر پس از انجام مصاحبه نود زبان آموز را با استفاده از تست ایلتس انتخاب شدند. برای بررسی عوامل عوامل موثر در ارتقا مهارت شنیداری زبان آموزان ایرانی از دو نوع فیلم ویرایش شده و ویرایش نشده استفاده گردید.برای انجام تح...
A rapid, early detection of oral squamous cell carcinoma: Real time PCR based detection of tetranectin
The current study is focused on determining the mRNA expression levels of tetranectin, to detect oral squamous cell carcinoma (OSCC) and thus aiding in its classification at an early stage. RNA was isolated and cDNA synthesis was performed from the saliva samples of the patients and healthy individuals. A semiquantitative PCR based analysis was performed prior to quantitative and expression bas...
متن کاملذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Journal of Thoracic Oncology
سال: 2021
ISSN: ['1556-0864', '1556-1380']
DOI: https://doi.org/10.1016/j.jtho.2021.01.768